1924年，转逢和尚将南普陀寺改为十方丛林，礼请会泉法师担任方丈，并协同会泉法师创办闽南佛学院。
　　1925年9月，闽南佛学院正式开学，会泉法师、常惺法师担任院长，主持院务工作。
　　1927年3月，会泉法师任满，推举太虚大师继任。4月，太虚大师就任南普陀寺第二届方丈兼闽南佛学院院长。
　　1928年3月，学院创办《现代僧伽》月刊。8月，太虚大师赴欧美弘法，南普陀寺事务由转逢和尚代理，闽南佛学院事务由觉三法师代理。
　　1929年冬，太虚大师游历欧美各国归来，亲自主持学院工作。组织“锡兰留学团”于漳州南山寺学习英文以备留学，并改南山学校为闽南佛学院第二院。
　　1930年春，太虚大师倡议学院设立研究部，芝峰法师为研究长，大醒法师为副研究长。
　　1936年，国民党军157师占驻南普陀寺。
　　1937年抗日战争全面爆发，日本飞机轰炸南普陀寺，闽南佛学院讲堂、宿舍被炸毁，学院即停办。
　　1938年，厦门沦陷。1940年冬，筹备复办闽南佛学院，聘请大醒法师重返厦门担任院长职务，并于9月15日举行开学典礼。随后，由于太平洋战争爆发，局势紧张，教学不安，复办后的首届学僧于1942年结业。
　　1943年，会觉法师任南普陀寺第七任住持后，再度复办闽南佛学院，后因寺院经济困难，维持至1945年8月抗战胜利即告停办。
　　1946年，佛教养正院复办，广心法师兼任院长，宏宽法师任副院长兼教务处主任。
　　1950年，佛教养正院改为养正义务小学，免费招收附近儿童入学。后因厦门大学附属小学停办，大量学生并入了义务小学，经济困难，寺院难以支撑，交由地方教育部门接办，改称“东沃小学”。此后，直至1980年，闽南佛学院、养正院一直处于停办之中。
　　1981年，妙湛老和尚临危受命，复办佛教养正院，招收具有初中文化程度的僧、尼入学，学制两年。至1985年，佛教养正院并入闽南佛学院。
　　1985年5月17日，经厦门市人民政府批准，闽南佛学院正式复办开学，妙湛老和尚任院长。学院分男女二部，首开全国佛教院校僧尼同校不同部之先河。院举行开学典礼，并在万石莲寺分设女众部。赵朴初会长出任名誉院长。
　　1993年，闽南佛学院第一届研究生班开学，妙湛老和尚主持开学典礼。后因主客观条件不成熟，于1997年宣布停办。
　　1996年1月，闽南佛学院女众部从万石莲寺迁入金榜山紫竹林寺新校园。
　　1997年，圣辉法师接任闽南佛学院院长。
　　1999年2月，将原佛教养正院并入预科，增设研究生班，使学院具有预科、本科、研究生3个层级培养阶段。所设研究生班，闽南佛学院恢复研究生班，学制3年。
　　2001年3月24日，国家宗教事务局将闽南佛学院作为佛教院校接受留学生的试点单位。
　　2013年8月7日，国家宗教事务局批准闽南佛学院为高等佛教院校。
　　2016年，则悟大和尚接任闽南佛学院院长。